平潭综合实验区船东协会经平潭县交通局、平潭县民政局批准，于2000年10月27日正式挂牌成立。其主管单位为平潭县交通局。到目前为止，本会会员单位已达290多家。
本会的宗旨：一是为本行业服务，即实现行业发展规划，宣传贯彻国家和政府交通主管部门行业发展的方针、政策、法规，调查研究行业发展情况，反映企业意愿，维护会员权益。二是为企业服务，即协调行业之间的竞争和合作关系，促进企业的健康发展。